Pierwsze dokumenty potwierdzające istnienie kościoła rzymskokatolickiego w Stegnie pochodzą z XIV wieku. Według źródeł z 1465 r. w Stegnie istniał kościół gotycki. W świątyni były prowadzone rokowania polsko – krzyżackie w ostatnich latach wojny trzynastoletniej w 1465roku. Niestety, nie zachowały się o nim żadne informacje.
W 1609 r. niemiecki proboszcz Georg Klein wybudował mały drewniany kościółek, który spłonął w 1676. Ocalała jedynie wieża, organy, wyposażenie ołtarza oraz dzwon z okresu wojny 13-letniejW okresie reformacji kościół w Stegnie przejęli ewangelicy, posiadając go aż do 1945 roku. W 1945 roku przejęli go katolicy; wtedy tez został poświęcony. 12 czerwca 1946 roku przybył do Stegny pierwszy powojenny duszpasterz. W 1948 roku administrator apostolski diecezji gdańskiej ks. Andrzej Wronka erygował w Stegnie parafię, obejmującą swym zasięgiem niemal całą Mierzeję Wiślaną.Wewnątrz kościoła znajdują się zabytkowe freski oraz barokowe organy, ambona z XVII wieku, a także model fregaty, ufundowany pod koniec XIX wieku przez uratowanych z tonącego statku marynarzy. Ciekawostką historyczną może być fakt, iż w kościele tym przebywał i modlił się Jan Długosz . .Co roku w zabytkowym kościele odbywa się Międzynarodowy Festiwal Organowy organizowany przez Filharmonię Bałtycką im. Fryderyka Chopina w Gdańsku.